故事主要发生在死神武器工匠专业学院，简称“死武专”，学院里的师生们分为“工匠”和“武器”，而学生的目的是收集九十九个“偏离人类轨道已形成‘鬼神之卵’”的灵魂和一个“魔女的灵魂”。当“武器”吞噬这100个灵魂后就能升级（进化）成为死神专用武器Death Scythe。为了达成这一目标，少年和少女们开始了自己的冒险。